Über die Herkunft des Wortes wird weiterhin diskutiert, doch mittlerweile neigen viele Experten dazu, den Namen des Brotes, das in seiner Heimat Westfalen selbst Schwarzbrot genannt wird, auf das regionale, im Sauerland verbreitete Wort Pumper "Furz“ und die Kurzform von Nikolaus, Nickel, zurückzuführen. Demnach bedeutet der Name spöttisch "furzender Nikolaus“, was auf die verdauungsfördernden Eigenschaften des Brotes hindeutet. Ursprünglich jedoch soll Pumpernickel ein Schimpfwort gewesen sein, das so viel wie "grober Bauernflegel“ bedeutete. Regional bezeichnet Nickel darüber hinaus einen "verschrobenen Eigenbrötler“. Andere Deutungen sehen in dem Wort ein Synonym für "Teufel“ aus der Zeit der Hexenverfolgungen, oder sie führen es auf das lat. bonum paniciculum "gutes Brötchen“ bzw. auf einen Bäckermeister namens Nikolaus Pumper zurück.
Der tatsächliche Wortursprung ist unbekannt. Es gibt nur Vermutungen.
Nach einer verbreiteten Legende soll der Name auf Soldaten Napoléon Bonapartes zurückgehen, die das westfälische Brot nur für „bon pour Nickel“ erklärt hätten – als gerade gut genug für Napoleons Pferd Nickel.