Nimm Handbrake. Nutze ich auch. Dann haste alles in einem
ffmpeg is nicht schlecht
www.softonic.de/s/video-converter-für-linux-freeware
Hier kannst Du Dateien "online Konvertieren" da spielt es dann keine Rolle ob Dein Betriebssystem WIN oder LINUX ist.
ffmpeg
avidemux
tragtor
sinthgunt
winff
Probier den mal freemake.com Bin mir aber nicht sicher ob die auch für Linux eine Version haben. Unter Windows ist das Ding top.
ffmpeg is der Klassiker für Videokonvertierung.