Die 3. Fußball-Liga wurde mit 20 Gründungsmitgliedern ins Leben gerufen. Zu den Gründungsmitgliedern gehören:
Die Gründungsmitglieder der 3. Fußball-Liga sind:
TSV 1860 München
SSV Jahn Regensburg
Rot-Weiß Erfurt
1. FC Heidenheim 1846
FC Ingolstadt 04
FC Carl Zeiss Jena
Holstein Kiel
VfB Stuttgart II
SpVgg Unterhaching
SV Wehen Wiesbaden
Wuppertaler SV
Jahn Regensburg
SV Sandhausen
VfL Osnabrück
Kickers Offenbach
FC Bayern München II
Für die Premierensaison konnten sich
je zur Hälfte Klubs der Regionalligen Nord und Süd qualifizieren,
sowie die Absteiger aus der 2. Bundesliga.
Es galt ausschließlich das Abschneiden der Mannschaften im Qualifikationszeitraum der Regionalligasaison 2007/08.
Die Mannschaften, die sich auf den Plätzen drei bis zehn der Abschlusstabellen der beiden Regionalligastaffeln befanden, waren sportlich für die 3. Liga qualifiziert.
Hinzu kamen die vier Zweitligaabsteiger der Saison 2007/08.