Ein Generalsekretär, auch Erster Sekretär genannt, ist in der Regel der Leiter oder der Betriebsleiter einer Organisation wie einer Gewerkschaft, einer Vereinigung oder einer Kirche. Seine Aufgaben unterscheiden sich stark vom durchschnittlichen Bild eines Sekretärs, da er in der Regel für die Durchführung oder Teilnahme an hochrangigen Sitzungen im Namen der Organisation verantwortlich ist und Entscheidungen bezüglich der gesamten Organisation trifft. Diese Position erfordert normalerweise viel Reisen, und viele Generalsekretäre nehmen Ratschläge und Aufgaben aus allen Bereichen der Organisation ein.
Der Generalsekretär trifft sich in der Regel mit Leitern anderer Organisationen, um mit ihnen Partnerschaften oder andere vorteilhafte Verträge zu schließen. Zum Beispiel kann sich der Generalsekretär einer religiösen Organisation mit Leitern anderer Organisationen treffen, um Spenden zu sammeln und neue Partnerschaften zu schließen oder sogar Fusionen zu besprechen.
Vergleichbare Amtsbezeichnungen für diese Funktion sind Hauptgeschäftsführer (vor allem bei Verbänden und Kammern) oder auch Generaldirektor (z. B. bei Stiftungen).
Als Chef von Sekretärinnen und Sekretären mit Entscheidungsbefugnis und Führungsverantwortung alles mögliche im Verwaltungsbereich
In der Regel ist der Generalsekretär Leiter der Verwaltung, der Organisation und in einigen Institutionen der Dienstvorgesetzte der hauptamtlichen Mitarbeiter oder er übernimmt lediglich repräsentative Aufgaben.