Unter homologen Chromosomen versteht man Chromosomenpaare, welche die gleiche Größe, Struktur und Genabfolge aufweisen. Dabei sind sie jedoch nicht identisch, da sie verschiedene Allele eines Gens tragen können. Dies bedeutet, das ein Merkmal wie beispielsweise die Augenfarbe auf einem Chromosom in einer anderen Ausprägung vorliegen kann wie auf dem zweiten Chromosom (zum Beispiel trägt das eine die Information für eine blaue Augenfarbe und das andere für eine braune Augenfarbe).