Vieles eigentlich. Unter anderem die Tatsache, dass das Alter und die ursprüngliche Funktion der Anlagen bis heute umstritten sind.
Die Externsteine sind ein Natur- und Kulturdenkmal. Über die Jahrhunderte hinweg haben verschiedene Menschen im Gestein ihre Spuren hinterlassen.
Im Kreuzrelief zum Beispiel ist die Kreuzabnahme Christ dargestellt. Das Relief entstand wahrscheinlich im 12. Jh.
Im Mittelalter wurden in den Externsteinen drei Grotten angelegt: Die Kuppel-, Haupt- und Nebengrotte. Mehrere Gänge und Räume führen so in den Fels. Am Fuß des Grottenfelses ist zudem ein in das Gestein geschlagener Sarg mit menschenförmiger Ausgestaltung.
In esoterischen Kreisen gelten die Externsteine als "Kraftort". Am 1. Mai sowie in der Walpurgisnacht und zur Sommersonnenwende Mitte Juni werden dort Feste abgehalten.
Zudem interessieren sich auch sogenannte völkische Gruppen und Rechte für die Externsteine und ihre Bedeutung als germanische Kultstätte. Dabei wird archäologisches Wissen, wie die fehlenden Belege für die angeblichen Kultstätte, scheinbar einfach ignoriert.
In ihm befindet sich ein verzweigtes Grottensystem, mit Inschriften und Zeichen.