Die Sonde ist nach dem Spitznamen des 1984 verstorbenen italienischen Mathematikers Giuseppe Colombo benannt, der sich um die Merkurerkundung besonders verdient gemacht hat.
Bepi war der Spitzname von Giuseppe Colombo, einem italienischen Mathematiker, der das heute übliche Swing-by-Manöver bei früheren Merkur-Missionen als erster eingesetzt hat.