Das hat historische Gründe, liegt lange zurück
Die Farben der Flagge leiten sich vor allem aus dem Wappen der Stadt Amsterdam, oder besser dem Schild in demselben, ab. Die Bedeutung der Farben und der weißen Kreuze sind ungeklärt. Ihr Ursprung könnte laut der Stadt Amsterdam in dem Wappen der Familie Persijn liegen, die einst einen großen Teil des Landes um die Hauptstadt besaßen.
In den Wappen zwei anderer niederländischer Städte, Dordrecht und Delft, bezieht sich der mittlere Streifen auf Wasser. Bezieht man dies nun auf Amsterdam, so würde der schwarze Streifen für den Fluss Amstel stehen. Sowohl die Farben als auch die Kreuze finden sich in den Flaggen der beiden Gemeinden Ouder-Amstel und Amstelveen.