das D steht für Durchgang und bedeutet, dass der D-Zug nicht überall hält.
Für "Durchgangszug"
D= Durchgangszug
Ein "Durchgangszug" besteht aus Waggons, deren Übergänge mit Faltbälgen ummantelt sind und die so über die gesamte Zuglänge eine Art Korridor, also einen Durchgang bilden. Also die seit längerem übliche Bauform.
Das "D" steht für "Durchgangszug". Auch heute noch werden die Schnellzüge wie bspw. ICEs bahnamtlich mit einem D vor der Zugnummer aufgeführt. Das sind eben Züge, die nicht an jedem kleinen Bahnhof halten, sondern mindestens zwei größere Städte miteinander verbinden.
Soweit ich weiß steht das "D" für Durchgangszug.